بنده (شفائی) پس از کودتای کمونیستی در سال 1357 در افغانستان، و پدید آمدن خفقان و آغاز قیام و خیزش عمومى، بعد از دو سال سهم گیری در مبارزه و قیام، ‌در اوائل سال 1359 وارد حوزه علمیه قم شدم، از آن زمان تا کنون مشغول تحصیل، تبلیغ، کار فکرى، فرهنگی و پژوهشی بوده ام. بر اثر احساس نیاز به کار فرهنگی و پژوهشی (در دو دهه قبل) در کنار تحصیل و تبلیغ، در حد توان، کارهای پژوهشی به صورت گروهی نمودم، بیشتر به موضوعاتی که درآن باره کمتر کار صورت گرفته بود و یا مقتضای زمان ضرورت آن را می رساند، در شرایط و برهه ای که از سویی هویت روحانیت مورد تهاجم چپ و راست بود و از سوی دیگر نقش و جایگاه تشیع در افغانستان نادیده گرفته می شد، کتاب " زندانیان روحانیت تشیع افغانستان" را نوشتم، تا کارایی دو سویه داشته باشد، هم پیشگامی و پیشتازی روحانیت در جهاد و نهضت مشخص شود و هم موقعیت و هویت تشیع افغانستان تبیین گردد. در مقطعی که مسئله جهاد و مبارزه مسلحانه در افغانستان و جنگ تحمیلی بر جمهوری اسلامی، پردازش به مقوله شیوه های دفاعی و رعایت مسایل نظامی را می طلبید و از جانب دیگر در بسیاری از موضوعات کتاب گرانسنگ نهج البلاغه پژوهش صورت گرفته بود ولی در مقوله ابعاد نظامى آن کتاب پرداخته نشده بود، به پژوهش مسایل نظامی آن کتاب پرداختم، که بنده نامش را "مسائل نظامی در نهج البلاغه " گذارده بودم که انتشارات اسلامی (وابسته به جامعه مدرسین) آن را تحت عنوان "جنگ و جهاد در نهج البلاغه" منتشر نمود و چهار مرتبه تجدید چاپ شد. در آستانه پیروزی مجاهدین، وقتی سیستم و نوع نظام در افغانستان مطرح بود و عده ای دموکراسی غربی را مطرح می کردند و حکومت مبتنی بر سازوکار اسلام را نفی می نمودند، کتابی تحت عنوان " ساختار حکومت مردم سالاری دینى" نوشتم. هنگامی که مسئله انتخابات مجلس شورا و پارلمان در بین بود، جزوه ای به نام" صلاحیت مجلس و معیار نمایندگى" بیرون دادم که دو بار چاپ گردید.یکی از موضوعاتی که در سخنان بسیاری از گویندگان و فرهیختگان مطرح می گردد، منتهی در آن ارتباط کتاب مستقل وجود نداشت، مسئله " امنحان و آزمایش الهى" بود که بنده به گردآوری آیات و روایات در آن موضوع پرداختم و تحت عنوان" امتحان عامل تکامل" دو بار چاپ گردید. در سالی که از سوی مقام معظم رهبری به نام مولای متقیان علی(ع) اعلام گردید، مقالاتی تحت عنوان "علی (ع) در نهج البلاغه" در هفته نامه وحدت نوشتم و بعد به صورت کتاب چاپ نمودم. در سالی که از سوی رهبر فرزانه، به نام سرور آزادگان و سالار شهیدان امام حسین (ع) نام گذاری گردید، جزوه ای تحت عنوان" نهضت عاشورا قیام پیروز " نوشتم. مقالات و نوشتاری در مجله سراج و هفته نامه وحدت چاپ ایران، و هفته نامه مشارکت ملی و مجله معرفت دینی چاپ کابل دارم، و نیز در برخی همایشهای علمی ایران و افغنستان مقالات داشته ام .البته در کنار اینها، مدت دو سال و اندی (68-66) در دو نقطه تهران (باقرشهر و افسریه) برای عده ای از جوانان تحصیل کرده مهاجر، کلاسهای عقائد و آموزش نویسندگی داشتم. در سهم گیری در کار فرهنگی جمعى، جزء موسسان فرهنگی اجتماعی سراج هستم که در آن فرایند، فصلنامه سراج، نگاه معاصر و در دری را راه انداختیم و کتابهای مفید چاپ نمودیم.